Prve stike s Slovenci so imeli že prvi jezuiti okoli sredine 16. stoletja. Ljubljanski škof Urban Textor (Tkalčič), ki je bil hkrati visok državni uradnik na dunajskem dvoru, se je spoprijateljil s Klavdijem Jayem, predstojnikom jezuitske skupnosti na Dunaju. Škof jih je želel pridobiti za obnovo katoliškega verskega življenja v habsburški monarhiji. Ker ni bilo mogoče, da bi jezuiti v tistem času neposredno delovali v slovenskih deželah, je v jezuitski kolegij v Rim poslal šolat dva svoja sorodnika, ki pa sta se izkazala za bolj mlačna človeka. V tem času je v Ljubljani pridigal nadarjen mlad jezuit z Dunaja, Nemec Jona Adler. Ignacij mu je osebno pisal in ga pohvalil za uspeh, obenem pa ga opozoril, naj poskrbi, da ga bodo razumeli ne le Nemci, ampak tudi večinsko prebivalstvo.
V Ljubljani so se jezuiti za stalno naselili leta 1597 in takoj začeli graditi kolegij – šolo. V ta namen so dobili dohodke od razpuščene pleterske kartuzije in cerkev svetega Jakoba na današnjem Levstikovem trgu. Kolegij je leta 1602 začel služiti svojemu namenu, do leta 1615 je bila dograjena tudi cerkev. Sredi 17. stoletja se je v njem šolalo okrog 700 otrok, v začetku 18. stoletja pa že nad 900. Ta dejavnost pomeni začetek visokošolskega študija v Ljubljani, saj so bila v njegovem učnem načrtu od leta 1619 dalje nekatera predavanja, ki sodijo na univerzo.
Vrsta znanih ljudi je študirala ali poučevala na ljubljanskem kolegiju: Janez Čandik, Ožbalt Gutsman, Gabrijel Gruber, Janez Ludvik Schoenleben, Marko Pohlin, Janez Gregor Dolničar, Janez Krstnik Prešeren, Blaž Kumerdej, Jurij Japelj, Peter Pavel Glavar, Anton Tomaž Linhart, Valentin Vodnik, Jurij Vega, Janez Vajkard Valvazor in mnogi drugi.
Na slovenskem ozemlju so jezuiti delovali tudi v Mariboru (kolegij ustanovljen leta 1757), Gorici (začetek gradnje kolegija leta 1631) in Trstu (jezuiti so tja prišli leta 1619). Vplivna sta bila tudi kolegija v Gradcu (v sedemdesetih letih 16. stoletja je imel kolegij že 200 dijakov, leta 1586 je dobil naslov univerze) in Celovcu (prihod jezuitov leta 1604; leta 1615 je kolegij imel 500 dijakov).
Po ukinitvi reda leta 1773 je bilo premoženje ljubljanskega kolegija dano v oskrbo državnemu verskemu skladu. Kolegij je kmalu zgorel; 637 knjig, ki so jih rešili, pa je cesarica Marija Terezija namenila splošni rabi ljubljanskemu liceju. Te knjige tvorijo prvi fond današnje Narodne in univerzitetne knjižnice.
Po ponovni vzpostavitvi reda so jezuiti prišli v Slovenijo leta 1870 kot voditelji ljudskih misijonov, vendar so morali deželo tri leta pozneje zapustiti, ker niso imeli dovoljenja civilnih oblasti. Po letu 1884 so prihajali v stolnico kot majniški pridigarji. Škof Missia jim je kupil hišo pri Svetem Florijanu (danes Gornji trg), leta 1896 pa so začeli graditi hišo na Poljanah. Leta 1912 so prav tam začeli graditi cerkev svetega Jožefa (dokončana leta 1922), leta 1925 so zraven zgradili še dom duhovnih vaj. Pred drugo svetovno vojno so jezuiti na Poljanah vodili Marijine družbe za može, žene in dijake, vodili so ljudske misijone ter urejali Glasnik Srca Jezusovega z naklado 40 tisoč izvodov. Leta 1932 so ponovno prišli tudi v Maribor, od koder so jih Nemci na začetku vojne izgnali.
Po zmagi komunistične revolucije je bil leta 1949 ves kompleks pri Svetem Jožefu na Poljanah protipravno odvzet, ljubljanski jezuiti pa so bili bodisi zaprti ali izgnani v napol porušen grad Bogenšperk. Tam so ostali do leta 1964, ko so začeli upravljati župnijo Borovnica. V Mariboru so smeli ostati v svoji hiši. Leta 1970 je bilo zgrajeno novo župnišče v Dravljah, leta 1985 prav tam nova cerkev Kristusovega učlovečenja. Od leta 1980 do 2009 so živeli v redovni hiši na Poljanah v bližini cerkve svetega Jožefa, kjer je bilo uredništvo revije Communio – Kristjanova obzorja in nekaj časa tudi provincijsko vodstvo. Leta 1982 so jezuiti začeli upravljati župnijo svetega Jakoba v starem delu Ljubljane. V Mariboru delujejo v župniji svete Magdalene in v noviciatski hiši.
Njihovo delo ni omejeno na naštete postajanke, ampak se razteza po vsej Sloveniji in v zamejstvu, kjer predavajo, vodijo misijone, pridigajo, vodijo duhovne vaje, seminarje in izobraževanja ter pomagajo na župnijah.